സിസ്റ്റര്‍ അഭയ കൊലക്കേസില്‍ ഫാദര്‍ തോമസ് കോട്ടൂരിന് ഇരട്ട ജീവപര്യന്തവും സിസ്റ്റര്‍ സെഫിക്ക് ജീവപര്യന്തം തടവുശിക്ഷയും വിധിച്ചു. പ്രതികള്‍ ശിക്ഷ ഒരുമിച്ച്‌ അനുഭവിച്ചാല്‍ മതി. തടവ് ശിക്ഷയ്‌ക്കൊപ്പം രണ്ട് പ്രതികളും അഞ്ച് ലക്ഷം രൂപ പിഴ അടയ്ക്കണം. കോണ്‍വെന്‍റില്‍ അതിക്രമിച്ച്‌ കയറിയ കുറ്റത്തിന് ഫാദര്‍ തോമസ് കോട്ടൂര്‍ ഒരു ലക്ഷം രൂപ അധികം പിഴ അടയ്ക്കണം. ഐ.പി.സി. 302, 201 വകുപ്പുകള്‍ പ്രകാരമാണ് കോടതി പ്രതികളെ ശിക്ഷിച്ചത്. തെളിവ് നശിപ്പിച്ചതിന് ഫാദര്‍ തോമസ് കോട്ടൂരിന് ഏഴ് വര്‍ഷം തടവുശിക്ഷയും വിധിച്ചു. ശിക്ഷാവിധി കേള്‍ക്കാന്‍ ഫാദര്‍ തോമസ് കോട്ടൂരും സിസ്റ്റര്‍ സെഫിയും സി.ബി.ഐ. കോടതിയില്‍ എത്തിയിരുന്നു. തിരുവനന്തപുരം സി.ബി.ഐ പ്രത്യേക കോടതിയാണ് ശിക്ഷ വിധിച്ചത്. 28 വര്‍ഷത്തിന് ശേഷമാണ് കേസില്‍ വിധി വരുന്നത്.

കൊലപാതകം, തെളിവ് നശിപ്പിക്കല്‍ എന്നീ കുറ്റങ്ങളാണ് പ്രതികള്‍ക്കെതിരെ കോടതി കണ്ടെത്തിയിരിക്കുന്നത്. കൊലപാതകം നടത്താനെന്ന ലക്ഷ്യത്തോടെ അതിക്രമിച്ച്‌ കയറിയെന്ന കുറ്റം തോമസ് എം കോട്ടൂരിനെതിരെ മാത്രമാണ് തെളിഞ്ഞത്. കൊലപാതക കുറ്റത്തിന് വധശിക്ഷയോ ജീവപര്യന്തം തടവോ, ഒപ്പം പിഴയുമാണ് ഇന്ത്യന്‍ ശിക്ഷ നിയമം നിഷ്കര്‍ഷിയ്ക്കുന്ന ശിക്ഷ. തെളിവ് നശിപ്പിച്ചെന്ന കുറ്റത്തിന് ഒന്ന് മുതല്‍ പരമാവധി ഏഴ് വര്‍ഷം വരെ തടവും പിഴയും, കൊലപ്പെടുത്താന്‍ ലക്ഷ്യമിട്ട് അതിക്രമിച്ച്‌ കയറിയതിന് പരമാവധി പത്ത് വര്‍ഷത്തില്‍ താഴെ തടവും പിഴയുമാണ് ഐപിസി നിഷ്കര്‍ഷിയ്ക്കുന്നത്.

അപൂര്‍വ്വങ്ങളില്‍ അപൂര്‍വ്വമായ കേസായി പരിഗണിച്ച്‌ പരമാവധി ശിക്ഷ പ്രതികള്‍ക്ക് വിധിക്കണമെന്നാകും പ്രോസിക്യൂഷന്‍ കോടതിയില്‍ വാദിക്കുക. പ്രായവും അസുഖങ്ങളും കണക്കിലെടുത്ത് ശിക്ഷയില്‍ ഇളവ് വേണമെന്നാകും പ്രതിഭാഗം ആവശ്യപ്പെടുക. ഇരുവാദങ്ങളും പരിശോധിച്ചാകും തിരുവനന്തപുരം സി.ബി.ഐ പ്രത്യേക കോടതി ജഡ്ജി കെ. സനില്‍ കുമാര്‍ ശിക്ഷ വിധിയ്ക്കുക.

കോട്ടയം പയസ് ടെന്‍ത് കോണ്‍വെന്‍റിലെ അന്തേവാസിയും ബിസിഎം കോളേജില്‍ പ്രീഡിഗ്രി രണ്ടാം വര്‍ഷ വിദ്യാര്‍ത്ഥിയുമായ സിസ്റ്റര്‍ അഭയ എന്ന ബീന തോമസ് 1992 മാര്‍ച്ച്‌ 27 നാണ് കൊല്ലപ്പെട്ടത്. പ്രതികള്‍ തമ്മിലുള്ള ലൈംഗിക ബന്ധം അഭയ പുറത്ത് പറയാതിരിക്കാനായിരുന്നു കൊലപാതകമെന്നാണ് പ്രോസിക്യൂഷന്‍ കേസ്.